Phu nhân Margaret là con gái, đồng thời là người thừa kế duy nhất của John Beaufort, Công tước Somerset thứ nhất, người cháu nội đã được hợp pháp hóa của John xứ Gaunt qua cuộc hôn nhân với Katherine Swynford. Do đó, Margaret là một hậu duệ đã được công nhận mang tính pháp lý từ Edward III của Anh. Bà được sinh ra ở Lâu đài Bletsoe, Bedfordshire, và trong khi năm sinh của bà gây tranh cãi giữa 1441 và 1443, thì ngày sinh 31 tháng 5 là chắc chắn bởi vì chính bà đã yêu cầu Tu viện Westminter tổ chức sinh nhật cho mình vào ngày này hằng năm.

Về năm sinh của bà, Ngài William Dugdale, một nhà khảo cổ sống ở thế kỷ 17 cho biết rất có thể bà sinh vào năm 1441, thông qua một loạt điều tra về lý lịch các nhân vật lịch sử được diễn ra ở Anh trong thời gian này. Rất nhiều học giả rành về tiểu sử của Margaret đã theo thuyết này trong suốt nhiều thời gian qua, song dựa theo báo cáo của Công tước John Beaufort dâng lên Quốc vương Henry VI của Anh, về ["Sự bảo hộ cho đứa con chưa chào đời"] của mình vào tháng 5 năm 1443, thì có vẻ Margaret có khả năng sinh vào năm 1443 hơn.